生物法在医药废水处理中的应用厌氧生物法是医药废水zui常用的处理工艺。利用两相厌氧消化中的产酸相将大分子有机物分解成小分子物质，从而改善废水的可生物降解性，再进行好氧处理。好氧生物法处理有机废水反应周期短，易操作运行，管理简单。生物接触氧化对cod去除效果好，氧化法载体表面积大，单位体积微生物量多，适合在高容积负荷条件下处理高浓度的医药废水。
在医药废水处理工程中，常采用厌氧生物法和好氧生物法相组合，利用各自的工艺特点实现废水的净化。
臭氧技术在医药废水处理中的应用：臭氧作为的无二次污染的氧化剂，通常投加在混合反应器中。通过臭氧分子与有机物直接反应，和其分解后产生的自由基与有机物间接反应。氧化分解水中的有机物，氧化去除无机还原物质，迅速杀灭水中的藻类、细菌、病原体等。对医药废水处理而言，臭氧氧化过程中不产生甲烷等有害物质，能将水中难降解的大分子有机物氧化分解为小分子有机物，并向水中充氧使水中溶解氧增加，为后续处理提供了更好的生化条件。同时臭氧作用能去除部分cod和色度。
医药废水处理技术的关键因素：针对高浓度、高毒性有机医药废水，削减有机物zui有效的方法仍旧是传统的生化技术，不论厌氧还是好氧，zui重要的是合适的食微比(f/m)。这就要求进生化系统的废水具有一定可生化性、负荷不能太高、综合毒性不能抑制微生物生长，因此医药废水的前处理除调节、稳定水质水量外，还要具有去除抑制生物生长的物质，提高可生化性的功能。